магазин не делает абсолютно ничего для таможни, он или принимает документ с её отметкой и возвращает НДС в кассе или на карту, либо нет. И неважно, где товар покидает ЕС - на границе Австрии/Швейцарии или Греции/Турции.
Магазин сначала должен вам этот документ выдать оформленный. Если схема поменялась, то простите за ошибку