А давайте 
В часах стоит литиево-полимерный аккумулятор на 3.6 V и именно им питается всё.
Мне любопытно как можно превысить напряжение питания GPS модуля, который подключен к аккумулятору, а не к зарядному устройству.
А вы любопытная. 
Хорошо, но сразу оговорюсь это всё мои фантазии, я никогда не разбирал такие часы и незнаком с их схемотехникой.
В некоторых прецизионных, малошумящих устройствах,(к которым конечно относятся такие часы) первый преобразователь выполнен без стабилизации. По сути просто электронный трансформатор. Например такую идеологию пропагандирует компания Vicor.
В таком случае зарядник акб может быть выполнен в виде последовательного балансира. Тем самым питание внутренней схемы во время заряда будет производится по сути от входного питания, а не от АКБ. При этом оно не будет стабилизированным, так как в борьбе за малые шумы было решено положиться на стабилизацию входного напряжения.
Таким образом при неправильном входном напряжение, питание внутренней схемы может быть завышено. Далее можно предположить что микросхема gps приёмника самая чувствительная к питанию, или на антенной линии стоит защитный диод от сильных наводок, который от перенапрежения может открыться и вызвать повышенный ток в цепи, что может "выжечь" внутренние защитные диоды в микросхеме. Вот и получаем потерю спутников, так как антенна будет зашунтирована пробитыми диодами.
Но повторюсь, это всё мои фантазии. 